
Il primo riferimento a questa chiesa ci arriva da una placca sulla facciata risalente al 1128. Venne edificata nei pressi del Foro Olitorio alle pendici del Campidoglio. Perché la designazione “in Carcere”? Ciò è dovuto alla presenza in quel periodo di una prigione, ossia il Carcere Tulliano (anche chiamato Mamertino).
Per quanto concerne, invece, la dedica a San Nicola, ciò deriva dal fatto che in quella zona viveva la comunità greca, che venerava proprio questo santo. Tuttavia, c’è da dire che la chiesa venne completamente ricostruita sul finire del Cinquecento.
La facciata della basilica venne progettata e realizzata dal celebre architetto e scultore, Giacomo Della Porta, noto per aver partecipato a lavori di tanti altri importanti edifici, tra i quali Sant’Anastasio dei Greci, San Luigi dei Francesi, Villa Aldobrandini e Palazzo Fani. Tale architetto decise di preservare il campanile medievale.
In questa chiesa è sempre stato molto forte il culto mariano con la venerazione di Nostra Signora di Guadalupe (appellativo con cui i fedeli cattolici impiegano per chiamare la Madonna in seguito alla sua apparizione in Messico) e della Madonna di Pompei.
